少なくともLinux系ではそのようです。
avrdude中のこのコード部分は「すzのAVR研究」にある「FT245R/FT232R で avrdude (2)」と同じようです。 http://suz-avr.sblo.jp/category/780472-1.html 「すzのAVR研究」からコードがマージされたのがバージョン6以降です。でもどうも最近動かないようでした。
結論としては、どうも使用するスレッドライブラリーでバージョンアップがあり、「すzのAVR研究」も含めてタイミングがルーズなところでアップデートしたライブラリーを使うとレグレッションでコケるようです。これはUPSTREAMで問題になってい、パッチもありました。このパッチを私のところで当てると一発で問題解決しました。
DEBIANにパッチ付きでレポートしたところ、すでに修正されました。Debian/Ubuntuなら6.1-2以降のバージョンなら修正済みです。あと一週間もすればDEBIANのTESTING環境やUBUNTUで使えるようになるでしょう。
https://bugs.debian.org/760764
アップストリームもこのパッチを適用したようなので、まもなくすべて修正されるので安心してください。
https://savannah.nongnu.org/bugs/?40086
実の所、まずTTL-232R-5Vをプログラマー用に買いましたが、それを確認する前に安さに引かれてプログラマー機能内蔵のUncompatinoも買ってしまいました。さてUncompatino用の部品セットに入っているATMega328PにはARDUINOのファームが入っていないので自分で書き込む必要がありAVRDUDEを起動して動かなかったときには焦りました。
ちなみに、FT232R用のコードはft245r.cとft245r.hです。avrftdi.cなどでは無いようです。
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